转录(transcription)：是指以DNA为模板，在依赖于DNA的RNA聚和酶催化下，以4中rNTP（ATP、CTP、GTP和UTP）为原料，合成RNA的过程。
RNA的拼接：大多数的真核基因都是断裂基因，断裂基因的转录产物产物需要通过拼接，去除插入部分（即内含子，intron），使编码区（即外含子，Exon）成为连续序列，这是基因表达的一个重要环节。
转录组数据拼接主要两种方法，如下图，图中左侧示意的先比对再组装的办法，该方法首先将短片断RNA序列与基因组序列进行比对，计算出所有可能的剪接方案，然后根据这些剪接方案重建出转录子。图中右侧展示的则是先组装再比对的方法，该方法先从根据RNA片段序列直接从头合成出转录子序列，然后再用各种剪接方式对合成的转录子进行剪接，将剪接产物与基因组进行比对，找出内含子和外显子结构，以及各个不同剪接体之间的差异。而对于没有基因组的物种，只能采用从头拼接的方式。
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